L’empereur Conrad II le Salique ne peut maintenir l’unité de son empire, morcelé en différentes principautés indépendantes et rivales. Cette instabilité suscite naturellement aussi la convoitise des puissances voisines, en particulier en périphérie du Saint Empire. C’est pourquoi, en terre vaudoise, les XIe et XIIe siècles sont animés par des luttes entre divers pouvoirs, qui entraînent la construction de nombreux châteaux-forts et fortifications.
Payerne est ainsi à plusieurs reprises le théâtre de batailles sanglantes, car elle se trouve sur la ligne de front entre de puissantes dynasties du nord et du sud. C’est la maison de Savoie, dont le pouvoir s’étend en Suisse romande dès le début du XIIIe siècle, qui construit les troisièmes murailles de la ville, pour la défendre d’abord contre les Zähringen (fondateurs de Berne et de Fribourg), puis contre les
Habsbourg.
L'essor de l'abbatiale
Depuis le Xe siècle, l’abbatiale de Payerne survit aux différents pouvoirs qui se succèdent à la tête de la ville. Elle compte trente moines au XIIIe, et prend un rôle de plus en plus important. Sa richesse aussi est attestée par les fresques du Narthex et de la chapelle de la résurrection qui datent de cette époque.
C’est également au XIIIe siècle que la cons-truction de l’église paroissiale, voisine de l’abbatiale, est entreprise.