Durant le XIVe siècle, les successions au sein de la maison de Savoie, les nombreuses batailles et les épidémies de peste finissent par affaiblir son pouvoir en terre vaudoise et sur Payerne. En même temps, la ville de Berne, une protégée des Savoyards, affirme sa position et se constitue un large territoire. De protégée, elle devient alliée, puis rivale.
Au XVe siècle, durant les Guerres de Bourgogne, le Pays de Vaud devient un enjeu de premier plan. Charles le Téméraire, les Confédérés, et Jaques de Savoie s’intéressent tous à ce territoire stratégique situé au croisement d’importants axes de communication.
Les Confédérés s’en emparent provisoirement en 1475, mais les Savoie le leur rachètent quelques années plus tard. Ce n’est qu’en 1536 que les Bernois s’installent durablement en terre vaudoise. Ils amènent avec eux la Réforme, et font construire ce bâtiment afin de pouvoir former des pasteurs de langue française.
Désaffectation de l'abbaye
La nouvelle religion amenée par les Bernois ôte toute raison d’être à l’abbatiale. Mais contrairement à de nombreux autres édifices catholiques, elle survit à la Réforme. Déchue de sa fonction religieuse, elle continue à dominer la ville... transformée en entrepôt.
Les Bernois construisent même dans la nef des planchers intermédiaires en bois, dans le but
d’accroître la surface de stockage.
