Du XIIIe au XVIIe siècle, deux châteaux – ou plutôt deux maisons fortes – co-existaient à Dardagny, séparées par une ruelle. Ces deux bâtisses, liées à deux seigneuries distinctes, sont passées par plusieurs mains au cours des siècles. Il a fallu attendre la moitié du XVIIe pour que toutes deux appartiennent définitivement aux mêmes propriétaires.
Ces deux bâtisses - qui constituent les ailes de l’actuel château – ont alors rapidement été réunis par une galerie, puis quatre tours sont venues orner ce «nouvel édifice». Le château de Dardagny était né. Il est demeuré le lieu du pouvoir local jusqu’à ce que, à la fin du XVIIIe siècle, ses propriétaires vendent leurs droits de seigneurie à la République genevoise.
Suite à son unification, le château a subi diverses transformations et restaurations, qui lui ont donné peu à peu l’allure que nous lui connaissons aujourd’hui - qui laisse difficilement paraître ses origines disparates. Au cours du XIXe siècle, le manque d’entretien a toutefois entraîné une profonde détérioration du bâtiment. Racheté par la municipalité en 1904, le château, promis à la démolition vu son état, a été sauvé par les habitants de Dardagny qui se sont mobilisés pour promouvoir sa restauration ainsi que l’aménagement d’une école à l’intérieur du bâtiment.