Ses études d’ingénieur à Paris et ses qualités d’autodidacte lui permettent d’acquérir de nombreuses connaissances dans le domaine des sciences de la Terre. Elles le conduisent à être nommé ingénieur cantonal pour les mines du Jura en 1848. Il passe ainsi près de cent jours par an dans les minières, jusqu’à la fin de sa vie.
Cette place n’est pourtant pas une sinécure. Très vite, Quiquerez prédit que les ressources de minerai, exploitées depuis le Moyen Age, ne sont pas aussi abondantes que présumé. Cette déclaration engendre un fort mécontentement, car l’industrie sidérurgique dynamise grandement l’économie de la région et les rendements sont encore bons.
Cette malveillance de la part des propriétaires de mines est soutenue par la presse, qui le traite de «taupe rousse dont il est urgent de se débarrasser». Suite à cet épisode, il découvre même un jour que la corde du cuveau qui doit le descendre dans un puits de mine a été sabotée!
Si Quiquerez survit à cette tentative d’assassinat, les mines vont toutefois avoir raison de lui, de façon indirecte. Le 4 juillet 1882, à l’âge de 81 ans, il descend dans un puits et en revient couvert de terre et de boue. Il rend l’âme quelques jours plus tard, le 13 juillet, emporté par une pneumonie.
Mémoires d’un ingénieur des mines
«Vous aurez peut-être lu un ‘avis aux taupiers’, sans vous douter que c’était ma tête qu’on mettait à prix. La chose a fait assez de bruit pour que j’aie porté plainte contre l’auteur avoué. Le Gouvernement m’a fait remercier par la Direction des finances, et m’a remis en reconnaissance la médaille d’argent frappée pour le cinquième jubilé de l’entrée de Berne dans la Confédération. Le cadeau de 10 francs est fort insignifiant, mais la lettre m’a fait d’autant plus de plaisir que je sais qu’on m’a fort desservi près du gouvernement.»
(Correspondance personnelle d’Auguste Quiquerez, tiré de Kohler Xavier, op. cit., p. 325.)