Quelques années plus tard, en 1837, Quiquerez devient député libéral au Grand Conseil bernois, mais sans suivre son collègue Stockmar dans ses velléités séparatistes. Orateur modeste, il préfère passer les séances à la bibliothèque. Il n’aime ni jouer, ni fumer et ne fréquente guère les cafés.
En 1838, il est nommé préfet du district de Delémont et préside à la création de l’hôpital. Préoccupé par la dégradation de l’état des forêts, qui sont exploitées de manière débridée, il s’occupe d’économie sylvicole. Ecologiste avant la lettre, il lutte pour la préservation du milieu naturel, ce qui lui vaut de nombreuses inimitiés et une non-réélection.
Très attaché à l’idéal libéral, il regrette en 1850 le retour des conservateurs. Il déclare ainsi: «Les luttes de 1846 ont préjudicié grandement au libéralisme du Jura, parce que les jeunes gens ont voulu écarter les vieux; aussi la réaction de 1850 a été le résultat de cette scission. Lorsqu’un édifice a besoin de supports, il ne faut pas craindre de mêler du vieux bois avec du jeune, pourvu que, par là, on prévienne la ruine. La raideur du vieux bois compense l’élasticité du jeune, et les deux forces combinées ne sont pas de trop à l’heure du péril.»
Mémoires d’un politicien
«Mon père avait été conseiller des finances du dernier Prince-Evêque, puis, sous le régime français, il avait occupé plusieurs charges importantes qui lui avaient permis de s’édifier sur ce qui convenait à son pays. Il regardait comme une absurdité l’opinion de ceux qui voulaient le retour du Prince, parce qu’il savait qu’une restauration était impraticable sans un bouleversement général.
»Il ne voyait pas d’un bon oeil le maintien de l’union avec la France, mais par contre il regardait les institutions de la France comme une conquête précieuse dont l’ancien Evêché ne devrait pas se départir. Il conseillait donc de plutôt s’unir avec la Suisse en formant un canton séparé. Il rappelait nos anciennes relations amicales avec les Confédérés et il voyait de grandes facilités à se constituer en un canton indépendant. Personne alors ne pensait à une réunion quelconque au canton de Berne…»
(tiré de «Souvenirs de 1814 à 1815», par Auguste Quiquerez, parus dans le Progrès du 24.01.1866.)