Après la construction des premières murailles, le pouvoir des rois de Bourgogne continue à s’éroder, et leurs tentatives de s’étendre au-delà de l’Aar, en territoire «germanique» , sont toutes infructueuses. Afin d’apaiser ce conflit de voisinage, Rodolphe II épouse la fille du duc de Souabe (ou d’Alémanie), qui devient la célèbre Reine Berthe.
Cette union ramène une certaine paix dans la région, mais le deuxième royaume de Bourgogne ne cesse de s’affaiblir, au détriment du Saint Empire romain germanique. En 1032, il finit par s’éteindre avec son dernier souverain, Rodolphe III.
Son décès fait passer tout le royaume de Bourgogne, dont Payerne, sous la domination germanique de Conrad II le Salique, fraîchement couronné empereur à Rome par le Pape. En 1033, il se fait également introniser roi de Haute-Bourgogne, dans l’abbatiale de Payerne.
En guise de remerciement, l’empereur Conrad II octroie à la ville des moyens financiers pour agrandir l’église et la maison religieuse. Cette extension repousse la population hors des premières enceintes, ce qui engendre la construction de nouvelles fortifications.
La seconde abbatiale
L’édification de l’abbatiale actuelle débute quelques années après le couronnement de Conrad II.
A cause de plusieurs changements et hésitations dans les plans et pendant la construction, la cohérence architecturale de l’édifice n’est pas toujours perceptible.