Dans la nature, l’abeille compte parmi ses prédateurs différents oiseaux, araignées, mammifères et insectes. Certains ne s’intéressent qu’à son miel, comme le sphinx tête de mort, un papillon. D’autres, tels que l’ours, le blaireau, la martre, le loir et la souris, sont moins sélectifs; ils considèrent toute la ruche comme étant comestible.

La vie des abeilles est également menacée par plusieurs maladies. Parmi elles, le parasitage par le tristement célèbre varroa, qui a fait son apparition dans les ruches suisses en 1980. Ce petit acarien brunâtre de forme convexe et plate mesure environ 1,6mm. Il se nourrit en suçant l’hémolymphe (le sang) de l’abeille, ce qui la fragilise et la rend plus vulnérable à d’autres affections. Malgré des traitements scrupuleux, le cycle rapide de reproduction du varroa lui permet de résister aux produits utilisés pour l’éliminer.

D’autres maladies s’attaquent directement aux larves. Causée par une bactérie, la loque américaine est très contagieuse et peut demeurer plus de trente ans sur un support apicole (vieille cire, miel étranger, ruches abandonnées...). Sa cousine la loque européenne est beaucoup moins dangereuse; les abeilles peuvent souvent y remédier d’elles-mêmes. Ces micro-organismes ne sont pas les seuls ennemis invisibles des abeilles. Pas moins d’une vingtaine de virus s’attaquant à elles ont été identifiés à ce jour.